La Confederación Hidrográfica del Miño-Sil (CHMS) dispone a lo largo de toda la cuenca de un total de 224 puntos fijos y un sistema de control continuo de calidad de las aguas.

De acuerdo a la Directiva Marco del Agua, que tiene como fin prevenir el deterioro y alcanzar el buen estado de las masas de agua en el 2015, esta administración hidráulica ha establecido cuatro programas de control: programa de Control de Vigilancia, de Control Operativo, de Control de Zonas Protegidas y de Control de Investigación.

Ofrecer una visión global del estado de las masas de agua y evaluar las tendencias de calidad de este recurso hídrico a largo plazo, son los objetivos principales del Programa de Control de Vigilancia. Para ello, este Organismo de cuenca ha establecido un total de 82 puntos fijos con esta función, de los cuales 11 son Estaciones Automáticas de Información de Calidad de las Aguas (SAICA) que transmiten datos hidrológicos y meteorológicos, a parte de información sobre calidad de las aguas, cada 15 minutos vía satélite a esta administración hidráulica.  Este sistema permite, además, establecer niveles de activación, prealerta y alerta en función  de los valores  obtenidos en cada estación sobre la crecida de los cauces.

En la provincia de Ourense existen 4 estaciones SAICA: en el río Sil a su paso por O Barco de Valdeorras, en el Miño en Ourense, en el río Avia en Ribadavia y en el Limia en Puente Linares. En Lugo están en funcionamiento 4 estaciones SAICA: en el río Cabe en Monforte, en el Neira en O Páramo, en el Miño a su paso por Lugo y en el  cauce del Ladra en Begonte. En la provincia de Pontevedra, las estaciones están situadas en la corriente del Tea, en Ponteareas y en Salvaterra de Miño en el río Miño. En Ponferrada, en el Sil hay una estación  en el  municipio de Requejo.

Con el Programa de Control Operativo se determina el estado de las masas  de agua consideradas en riesgo de no cumplir los objetivos medioambientales, para poder adoptar planes especiales que permitan mejorar la calidad de las mismas. En  total, en toda la cuenca están instalados 68 puntos de control operativo.

Para hacer un seguimiento del agua potable y las aguas que requieren protección y mejora para la vida piscícola, se ha implementado un Programa de Control de Zonas Protegidas con 74 puntos de vigilancia. En ambos casos, se controlan 52 parámetros físico-químicos exigidos en las diferentes normativas sobre calidad de este recurso hídrico.

También se ha puesto en marcha un cuarto Programa de Control de Investigación, que tiene como objetivo establecer una serie de medidas específicas para paliar los efectos de la contaminación accidental.

En un futuro próximo, este Organismo de cuenca pondrá en marcha una serie de planes de actuación para  perfeccionar los citados programas de control.